Black Messiah сформированы в 1994 году как Black Metal проект старой школы. В то время в группе играли Zagan (вокал, бас), Frohnleichnam (гитара) и Reverend Heidenbluth (барабаны), В 1995 году группа подготовила первое демо, которое было распродано. Frohnleichnahm ушел из группы в 1996 году. В результате основательных разногласий Zagan и Reverend Heidenbluth последний тоже покинул коллектив. Оставшись в одиночестве, Zagan начал писать песни с элементами классической и языческой музыки. В 1997 году он записал альбом "Sceptre of Black Knowledge" с барабанщиком Nabahm (который играл в группах Innana Unveiled и Goat of Mendes). Запись выпустила компания Last Episode. Множество приглашенных музыкантов, из которых особенно заметен экс-гитарист Sodom-Kreator, Frank "Blackfire" Gosdzik, приняли участие в записи.
          
          В середине 1999 года прошла запись второго диска, а затем группа Black Messiah ушла с лейбла Last Epsiode. В начале 2001 года Zagan и Nabahm немного разошлись во мнениях, ибо Zagan собрался концертировать с Black Messiah, а Nabahm хотел чтобы проект был чисто студийным. Zagan пришлось искать новых музыкантов.
          
          В начале 2005 года группа подписала контракт с Einheit Produktionen. Весной 2005 года вышел второй альбом "Oath of a Warrior". В октябре 2005 года ушел басист Drahco. Его заменил Niörd. Black Messiah начали запись третьего альбома в феврале 2006 года.